Ján Semjan sa narodil 12. septembra 1959 v Michalovciach do rodiny reformovaného farára Jána Semjana a Albíny, rod. Janovčíkovej. Strednú školu absolvoval v roku 1978 na Gymnáziu v Sobranciach a od roku 1978 do roku 1984 študoval na Komenského evanjelickej fakulte v Prahe. V rámci štúdia teológie strávil rok ako štipendista Škótskej reformovanej cirkvi na univerzite New College v Edinburghu (1982–1983).

Po skončení vysokej školy ako kaplan pôsobil vo Veľkých Revištiach (1984–89). V roku 1989 nastúpil ako zvolený farár do Čane. V období 1990–91 absolvoval štipendijný program na univerzite v Aberdeene (dva semestre) a potom v rokoch 1994–1996 ako poslucháč kurzov praktickej teológie vo Wuppertale.

V čase existencie Katechetického seminára v Košiciach ako prednášajúci vyučoval Starý zákon a Religionistiku. V súčasnosti okrem práce zborového farára a lektora Biblickej školy učí na Evanjelickom gymnáziu Jana Ámosa Komenského v Košiciach.

V rokoch 1996–2002 pôsobil ako senior Ondavsko-hornádskeho seniorátu, v období 2002–2008 pôsobil ako slovenský zástupca biskupa. Túto pozíciu opätovne zastáva od roku 2015.

S manželkou Auréliou, rod. Szentimreyovou majú spolu troch dospelých potomkov.

V oblasti teológie sa zaujíma o postavu apoštola Pavla. Konkrétne sa zaoberá Pavlovou eschatológiou a jeho očakávaním Ježišovho druhého príchodu. Ako koníčkom sa vo voľnom čase venuje dejinám a archeológii staroveku. Rád číta literatúru faktu a dobrú beletriu s historickými reáliami.

Anglický jazyk (plynule), nemecký jazyk, biblická gréčtina.